检测MET扩增，FISH还是NGS？
作者：张潇潇
在之前介绍MET变异的文章（看不懂最新研究？别急，先搞清楚MET的基本概念）中，我们提到MET变异其实是包括MET基因扩增、MET基因突变、MET蛋白过表达等多种异常的统称，其致癌机制、检测技术、治疗方式都有所不同。
原发性MET扩增在非小细胞肺癌患者中仅占1%~5%，但在EGFR、ALK抑制剂耐药后，有不少患者出现了继发性MET扩增突变。对于非小细胞肺癌患者来说，NGS检测MET基因突变（如MET14外显子突变）的效率更高，而FISH检测被认为是检出MET扩增的金标准。
作为普通患者，我们更希望用一种检测手段就能检出所有突变。为什么FISH技术检测MET扩增更具有临床意义？号称基因全覆盖的NGS技术能否取代FISH，用于MET扩增的检查呢？近日的一项研究深入探讨了这个问题，让我们一起来看一看。
1什么是NGS检测
NGS，即下一代测序技术(Next-generation sequencing)，又称高通量测序技术(High-throughput sequencing, HTS)、第二代测序。通过受检样本与对照的测序信号进行对比，计算出MET拷贝数变化。
2什么是FISH检测
FISH，即荧光原位杂交技术。以荧光探针标记MET基因和7号染色体着丝粒数，计算MET拷贝数及比例，可以直接观察到单个肿瘤细胞的MET扩增状态。
目前，对FISH检测MET扩增的判读标准、NGS检测平台对MET扩增检测阈值，尚未达成共识。在这项研究中，根据Cappuzzo 评分系统将FISH检测的MET扩增的检出定义为每细胞GC≥5或MET/CEN7（MET拷贝数与7号染色体着丝粒数的比值）>2.0，评估NGS检测的MET扩增标准是GCN≥5。
在40名使用MET抑制剂的非小细胞肺癌患者中开展试验，所有患者分别接受FISH和NGS检测是否有MET扩增。随后，所有患者都接受了克唑替尼、沃利替尼、伯瑞替尼等MET抑制剂的治疗。
表一：患者的临床特征
结果：
在40名患者中，FISH检出25例MET扩增，按照GCN≥5的MET扩增标准，NGS检出10例（GCN＜5的有30例，也就是说这40例患者都可以称为MET扩增，只是扩增倍数不同）。其中，FISH和NGS判断一致（包括阴性或阳性）的有25例（62.5%，25/40）。
MET抑制剂治疗后，18位患者出现部分缓解，部分缓解率为45%（18/40），中位PFS为4.0个月。
其中，在FISH检查为MET扩增的25位患者中，17位在治疗后得到了部分缓解（部分缓解率为68%），中位PFS为5.4个月；
在FISH检查为非MET扩增的15位患者中，仅有一位患者得到了部分缓解（部分缓解率为6.7%），中位PFS为1.0个月。（P<0.001）
在NGS检测为MET扩增的10位患者中，有6位出现了部分缓解（部分缓解率为60%），中位PFS为4.8个月；
在NGS检测为非MET扩增的30位患者中，有12位出现部分缓解（部分缓解率为40%），中位PFS为2.2个月。（P = 0.357）
总结：
不难看出，通过FISH鉴定为MET扩增时，采用MET类抑制剂的预测生存获益更准确（部分缓解率68%），而通过NGS判断的MET扩增状态时，严格按照GCN≥5作为MET扩增标准时，与FISH鉴定的MET扩增采用MET类抑制剂预测生存获益类似（部分缓解率60%）。而如果将扩增标准放宽到GCN＜5时，虽然PFS时间只有2.2个月，但部分缓解率依然达到40%，说明NGS如果和FISH一样采用GCN≥5作为扩增标准的话，会有一部分患者被划入到非MET扩增，而其中部分患者是能够从MET类抑制剂中获益的。与生存获益之间的关联性不足。
究其原因，MET扩增的形式有两种，染色体上MET基因拷贝数增加的局部扩增（focal amplification），以及7号染色体重复增加的染色体多体（polysomy）。当NGS技术以单条染色体上的平均基因数扩增（GCN）为标准时，会漏检以染色体多体形式扩增的MET扩增，因为多体的单条染色体拷贝数并未增加。目前，关于通过NGS技术检测肺癌患者中的MET扩增，尚无公认的检测流程与检出标准，有待进一步完善。
在这项研究中，以常用的GCN≥5作为NGS检测的判断依据，发现GCN≥5的患者人群中和FISH的一致性较高，但GCN＜5的患者中也有部分人能够MET抑制剂中获益，导致NGS检测总体的区分度不高。
无论是这项研究的结果还是此前的发现，都一致认为FISH仍然是目前最适合鉴定MET扩增的技术，可用于预测MET抑制剂疗效。NGS技术检测MET 扩增则还不够明确，不推荐直接用于临床实践。但毕竟NGS的适用范围比FISH要宽很多，如果 NGS技术检测结果得到GCN < 5，建议进一步通过 FISH 确认 MET 状态。假如因为条件所限，无法进行FISH确认，患者也可以尝试MET类抑制剂，毕竟上述研究中也证实了GCN＜5的患者中部分人能够从MET抑制剂中获益。
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